Niektóre szczepienia są wręcz zalecane kobietom w ciąży (np. przeciw grypie i krztuścowi), aby chronić zarówno matkę, jak i dziecko. Inne, zwłaszcza te zawierające żywe wirusy, są w ciąży przeciwwskazane. Decyzję o szczepieniu w okresie ciąży lub jej planowania należy zawsze skonsultować z lekarzem.